上下階で住み分けるのと、左右で住み分けるのとのそれぞれのメリットは下記です。
上下階で住み分ける場合（重層長屋形式）
・効率的な敷地利用: 縦方向に空間を重ねるため、比較的狭い敷地でも二世帯住宅を実現しやすいです。
・基礎・屋根の共有によるコスト効率: 基礎や屋根を共有できるため、左右分離型に比べて、建築コストをわずかに抑えられる場合があります。
・親世帯のバリアフリー化: 1階を親世帯にすることで、階段の昇降が不要になり、将来のバリアフリー化に対応しやすいです。高齢になっても安心して生活できます。
・間取りの自由度（フロア単位）: 各フロア内で比較的間取りの自由度が高く、広々としたリビングなども確保しやすいです。
左右で住み分ける場合（長屋形式）
・プライバシーの確保: 各世帯が「隣の家」という感覚に近いため、プライバシーがより確保されやすいです。生活音も壁を通じて伝わる可能性はありますが、上下階の足音や振動に比べれば気になりにくい傾向があります。
・生活音・匂いの問題が少ない: 上下階のような足音や水回りの音の問題は軽減され、匂いも伝わりにくいです。
・それぞれの世帯でバリアフリー対応可能: どちらの世帯も1階部分を中心に生活できるように設計すれば、将来的なバリアフリー化に対応しやすいです。
・賃貸化・売却が容易: 将来的に片方の世帯が空き家になった場合、独立した戸建てとして賃貸に出したり、売却したりしやすいです。